Combien de jours d'arrêt maladie avez-vous le droit ? Guide 2026 par pathologie

1. Les règles générales : qui prescrit, comment ça marche

En France, l'arrêt de travail relève d'une décision strictement médicale. C'est le médecin (généraliste, spécialiste, médecin du travail dans certains cas, ou médecin hospitalier) qui apprécie, à partir de l'examen clinique, la nécessité d'un arrêt et sa durée.

L'article L. 321-1 du Code de la sécurité sociale en pose le principe : l'arrêt n'est valable que s'il est justifié médicalement et conforme à l'intérêt de la santé du patient. La CNAM met à disposition de tous les médecins prescripteurs des fiches repères de durée par pathologie, qui guident la prescription en fonction du métier et de la situation du patient.

1.1 Trois durées à distinguer

La distinction entre « la durée que je dois avoir » et « la durée que mon médecin me prescrira » est cruciale : les référentiels Ameli sont indicatifs, ils ne sont ni un droit exigible par le patient, ni une limite imposable au médecin.

2. Délai de carence, plafond 360 jours, ALD : ce qu'il faut savoir

Trois règles structurantes encadrent la durée de prise en charge financière de l'arrêt maladie. Elles ne déterminent pas la durée prescrite, mais affectent directement votre porte-monnaie.

2.1 Le délai de carence

L'assurance maladie verse les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) à partir du 4ᵉ jour d'arrêt en cas de maladie non professionnelle (Art. L. 323-1 du Code de la sécurité sociale). Les trois premiers jours, dits de carence, ne sont pas indemnisés par la sécu — ils peuvent l'être par l'employeur via la convention collective ou un accord d'entreprise (subrogation, maintien de salaire).

En cas d'arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP), il n'y a pas de délai de carence : les IJSS sont versées dès le lendemain de l'accident.

2.2 Le plafond de 360 jours sur 3 ans

Pour un arrêt « classique » (hors ALD), le nombre maximum de jours indemnisés par la CPAM est de 360 jours sur une période de 3 ans (Art. R. 323-1 du Code de la sécurité sociale). Ce plafond reset par périodes glissantes — pas par année civile.

Au-delà, le patient bascule, sous conditions, vers le régime des affections de longue durée (ALD), de l'invalidité ou d'une procédure d'inaptitude — autant de situations qui sont à apprécier avec le médecin-conseil et la médecine du travail.

2.3 Les ALD (affections de longue durée)

Pour les pathologies inscrites sur la liste des 30 ALD (cancer, diabète, maladie cardiovasculaire grave, sclérose en plaques, certaines pathologies psychiatriques, etc.), les IJSS peuvent être versées pendant 3 ans, sans le plafond de 360 jours classique. Le médecin traitant établit un protocole de soins en lien avec le médecin-conseil de la CPAM.

3. Top 30 des arrêts les plus prescrits — durées indicatives

Voici un panorama des arrêts de travail les plus fréquemment prescrits en France, classés par grandes familles de pathologies. Les durées sont des ordres de grandeur indicatifs issus des référentiels Ameli ; chaque cas est apprécié individuellement par le médecin en fonction du diagnostic, du métier et de l'évolution clinique.

Cliquez sur la pathologie pour accéder à la fiche détaillée, avec la durée par type de poste, les conseils de récupération et les conditions de prolongation.

3.1 ORL et infections respiratoires courantes

3.2 Troubles digestifs

3.3 Troubles musculo-squelettiques (TMS)

3.4 Santé mentale

3.5 Autres pathologies fréquentes

4. Indemnités journalières et compléments de l'employeur

Pendant un arrêt maladie, le salarié peut percevoir jusqu'à trois sources de revenus, qui s'articulent et se complètent.

4.1 Les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS)

L'IJSS représente 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des trois derniers mois de salaire (ou douze derniers mois en cas d'activité saisonnière), dans la limite d'un plafond. Les IJSS sont versées à partir du 4ᵉ jour en maladie classique, ou dès le lendemain en AT/MP.

4.2 Le complément employeur (Code du travail, Art. L. 1226-1)

Sous conditions d'ancienneté (un an minimum dans l'entreprise pour le maintien de salaire légal), l'employeur verse un complément aux IJSS, de telle sorte que le salarié perçoive un pourcentage de son salaire brut. La durée et le pourcentage exact dépendent de l'ancienneté et de la convention collective applicable.

4.3 La prévoyance d'entreprise

De nombreux contrats de prévoyance complètent encore les IJSS et le maintien de salaire légal. Vérifier sa convention collective et son contrat de prévoyance permet d'avoir une idée précise du net réellement perçu en cas d'arrêt long.

5. Contrôle, contre-visite, prolongation

Plusieurs procédures de contrôle peuvent intervenir pendant un arrêt maladie, à l'initiative de la CPAM ou de l'employeur. Connaître leur cadre évite les mauvaises surprises.

5.1 Le contrôle par le médecin-conseil de la CPAM

L'assurance maladie peut, à tout moment, convoquer l'assuré pour un examen par son médecin-conseil. Si celui-ci estime l'arrêt non justifié, il peut décider de l'arrêt des indemnités à compter de la date qu'il fixe. La décision peut être contestée devant la commission de recours amiable, puis le pôle social du tribunal judiciaire.

5.2 La contre-visite de l'employeur

L'employeur peut, à ses frais, mandater un médecin pour effectuer une contre-visite au domicile du salarié pendant ses heures de présence obligatoire (généralement 9 h - 11 h et 14 h - 16 h sauf dérogation). Si le médecin contrôleur estime l'arrêt injustifié ou ne peut pas effectuer la visite (absence non autorisée), l'employeur peut suspendre le complément de salaire conventionnel.

5.3 La prolongation de l'arrêt

La prolongation est en principe prescrite par le même médecin qui a délivré l'arrêt initial, ou par le médecin traitant si l'arrêt initial a été émis par un autre médecin (urgences, spécialiste, hôpital). Toute prolongation par un autre médecin doit être justifiée par l'impossibilité de joindre le prescripteur initial — sans quoi la CPAM peut refuser sa prise en charge.

6. Vos droits pendant l'arrêt

Au-delà des indemnités, l'arrêt maladie ouvre plusieurs droits qui sont régulièrement méconnus. Trois points méritent d'être rappelés en 2026.

Pour toute situation individuelle, le bon réflexe consiste à se rapprocher de son médecin traitant, du médecin du travail, et — en cas de difficulté avec l'employeur ou la CPAM — d'un conseiller défenseur des salariés ou d'une organisation syndicale.