Congé maladie des fonctionnaires : passage à 90 % puis au demi-traitement

Comment se calcule le demi-traitement

La règle des 90 jours sur l'année glissante

L'article L822-2 du code général de la fonction publique ouvre au fonctionnaire un an de congé de maladie pendant une période de douze mois consécutifs. L'article L822-3, réécrit par la loi de finances pour 2025, en fixe la rémunération : 90 % du traitement pendant trois mois, puis la moitié pendant les neuf autres mois. Avant le 1^er mars 2025, ces trois premiers mois étaient payés à 100 %.

Le piège est la période de référence : ce n'est ni l'année civile, ni la date du premier arrêt. Pour chaque jour d'arrêt, l'administration regarde les jours de congé de maladie déjà accordés pendant les 365 jours précédents (366 si l'année est bissextile). Tant que moins de 90 jours ont été payés à 90 % dans cette fenêtre, le jour est payé à 90 %. Au-delà, il passe à 50 %, dans la limite de 270 jours.

Conséquence pratique : un arrêt court en décembre peut faire basculer au demi-traitement un arrêt de mars suivant, et le plein droit à 90 % se reconstitue au fil des mois, à mesure que les anciens arrêts sortent de la fenêtre des 365 jours.

Ce qui reste payé : IR, SFT, NBI, primes

Le taux de 90 % puis de 50 % ne frappe que le traitement indiciaire et ce qui le suit. L'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement restent versés en totalité pendant tout le congé de maladie (L822-3).

Dans la territoriale, le maintien des primes pendant un arrêt dépend de la délibération de chaque collectivité : il faut la demander au service RH. Pour retrouver le traitement indiciaire à partir de son indice, le convertisseur indice majoré → salaire fait le calcul brut et net.

Le jour de carence

Chaque arrêt de maladie ordinaire commence par un jour de carence non rémunéré (loi n° 2017-1837, article 115) : ni traitement, ni primes, ni indemnité de résidence, ni NBI ce jour-là ; le supplément familial reste versé. Ce jour compte pourtant dans les 90 jours à 90 %. Le passage à trois jours de carence, voté par le Sénat dans les budgets 2025 et 2026, n'a pas été adopté : la fonction publique en reste à un jour.

Le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :

• Nouvel arrêt pour la même affection après une reprise de 48 heures au plus (prolongation)
• Arrêts successifs pour une même affection de longue durée (ALD) : une seule carence par période de 3 ans
• Congé de longue maladie, congé de longue durée, CITIS
• Congé de maladie après la déclaration de grossesse et avant le congé de maternité
• Arrêt après une fausse couche survenue avant la 22e semaine d'aménorrhée ou une interruption médicale de grossesse
• Premier arrêt dans les 13 semaines suivant le décès d'un enfant de moins de 25 ans
• Blessure ou maladie contractée en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public

Pour comparer avec les salariés du privé (trois jours de carence de la Sécurité sociale, sept jours pour le maintien de salaire par l'employeur, sauf convention plus favorable), voir le simulateur des jours de carence.

Congé de longue maladie et de longue durée

Quand la maladie est invalidante, de gravité confirmée et exige des soins prolongés, le congé de maladie ordinaire laisse place au congé de longue maladie (CLM) : trois ans au maximum (L822-7), la totalité du traitement pendant un an, puis la moitié pendant deux ans (L822-8). La loi permet de porter cette part à 60 % par décret : c'est le cas dans la fonction publique de l'État depuis le 1^er septembre 2024 (décret n° 2024-641), où les primes sont aussi versées à 33 % la première année puis à 60 %. La territoriale et l'hospitalière restent à 50 %.

Le congé de longue durée (CLD) est réservé à cinq affections : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis (L822-12). Il dure cinq ans : trois ans à plein traitement, deux ans à demi-traitement (L822-15). La première année de CLM à plein traitement compte comme une période de CLD pour la même affection (L822-14), d'où le champ « durée déjà accordée » du simulateur.

Une demande de CLM présentée pendant un congé de maladie ordinaire remonte à la première constatation médicale : les jours déjà payés à 90 % ou à 50 % sont alors requalifiés et régularisés au taux du CLM. Un nouveau CLM n'est possible qu'après un an de reprise des fonctions (L822-11). Pour l'accident de service et la maladie professionnelle, c'est le CITIS qui s'applique, avec l'intégralité du traitement jusqu'à la reprise ou la retraite (L822-22).

Le cas des contractuels

Le contractuel de droit public doit justifier d'au moins 4 mois de services pour un congé de maladie rémunéré par l'employeur. En dessous, il est placé en congé non rémunéré et ne perçoit que les indemnités journalières de la Sécurité sociale, s'il remplit leurs conditions.

Les indemnités journalières (versées après trois jours de carence de la Sécurité sociale) sont déduites du traitement : le total perçu reste égal à 90 % ou 50 % du traitement. Dans l'État, les primes suivent le traitement. En cas de services discontinus, la période de référence est de 300 jours de services effectifs au lieu de douze mois. Une fois les droits épuisés, seules les indemnités journalières restent dues ; leur montant se calcule avec le simulateur d'indemnités journalières.

Pour une maladie grave, le contractuel relève du congé de grave maladie : trois ans au maximum, un an à plein traitement puis deux ans à 60 % dans l'État (dès 4 mois de services depuis le 1^er septembre 2024) ou à 50 % dans la territoriale et l'hospitalière (3 ans de services exigés).

Après douze mois d'arrêt

Le fonctionnaire qui a passé douze mois consécutifs en congé de maladie ne reprend qu'après avis favorable du conseil médical. Pendant la procédure, il est placé en disponibilité d'office provisoire et perçoit une indemnité égale au traitement qu'il touchait à la fin du congé. Selon l'avis, il reprend, demande un CLM ou un CLD, bénéficie d'un reclassement ou d'une période de préparation au reclassement, est placé en disponibilité d'office, ou est admis à la retraite pour invalidité.

Une reprise progressive est possible par le temps partiel pour raison thérapeutique, payé à plein traitement dans la fonction publique : le simulateur de mi-temps thérapeutique en détaille le régime. Le congé de maladie ne réduit pas le droit aux congés annuels, et les jours que l'arrêt a empêché de prendre peuvent être reportés.